学院自成立以来一直重视学科建设。通过搭建平台、引进人才、加强自身建设等方式提高学院的学科建设水平。学科建设促进了人才培养层次和质量的提升，目前学院具有博士、硕士、学士三个人才培养层次。

学院现有生态学、生物学、环境科学与工程3个硕士一级学科和资源与环境专业硕士一级学科，并具有为期 12 届的培养民族生态学文理交叉博士生的经验。生态学学科设立了4个研究方向：生态系统生态学、植物生态学、可持续生态学、民族生态学。生物学学科设立了4个研究方向：植物学、动物学、生物化学与分子生物学、质谱成像与代谢组学。环境科学与工程设立了3个研究方向：环境科学、环境工程、环境健康。其中生态学、环境科学与工程、民族生态学是省部级重点学科。资源与环境专业硕士一级学科设置 4个研究方向：污染控制工程、环境修复工程、固废资源利用工程、绿色材料工程。

学院基于现有学科专业基础和条件平台，以夯实生物学和化学基础学科、发展交叉应用学科，形成新的增长点为原则，重点发展建设生态学学科，将环境科学与工程学术硕士和资源与环境专业硕士结合建设。 在各学科建设中，学院聚焦于民族地区生态环境、资源保护、人民生命健康等问题开展科学研究和人才培养，持续凝练学科建设方向，突出学科水平建设，服务国家战略需求， 力争产出一流成果，培养一流专业人才。